Salut Joël,
oui, assurément, c'est plus compliqué. Le MDF est un des matériaux qui se travaillent avec le plus de facilité. Le plexi, c'est une toute autre histoire. Sans approfondir le sujet car je suis loin de le maîtriser, voici quelques points qui me viennent à l'esprit.
Déjà il y a différentes qualités, qui n'ont pas les mêmes destinations ni le mêmes tolérances, et pas le même prix.
Selon l'épaisseur, l'approche va changer sensiblement : les fines plaques cassent vite, les épaisses sont plus tolérantes.
Il faut se méfier comme de la peste de la fusion. Par exemple, si tu attaques naïvement une découpe à la scie sauteuse comme tu le ferais dans du bois, ta découpe va se resouder toute seule juste derrière le passage de la lame. Le maître mot est LENTEUR pour tous les outils, même manuels. Vitesse minimale obligatoire. Pour les perçages aussi : si tu as un trou de 2 mm à faire, il vaut mieux faire 1.8 et ajuster ensuite car si tu perces directement à 2, tu risques fort de te retrouver avec un trou de 2.1 ou 2.2.
J'ai découvert récemment que pour les découpes, ceci convient parfaitement :

La lame vibre, ce qui est beaucoup moins agressif pour le matériau, et dans le cas des plaques fines, le risque de casse devient limité (toujours travailler avec la plaque bien posée à plat).
Pour le perçage, il vaut mieux utiliser de vieux forets émoussés, pour la même raison : moins d'agressivité donc moins de risque d'éclatement, toujours à très basse vitesse et avec une perceuse à colonne.
Enfin bref, fais toi la main sur des choses peu importantes ou sur des chutes avant d'attaquer des pièces importantes.
edit : grillé par Fix, mais on se confirme mutuellement